Начало собранию акварелей, рисунков, гравюр было положено в момент создания музея передачей произведений из собраний центральных музеев и от министерств ССР и РСФСР. Позже важным источником комплектования стали частные коллекции и мастерские художников. Основной фонд графики насчитывает более пяти тысяч экспонатов. Это один из важных разделов, составляющий свыше трети всей коллекции и достаточно полно представляющий развитие русского и советского искусства. Собрание советской графики отличается большим числом произведений творческих индивидуальностей (В.А. Фаворского, А.И. Кравченко, Е.А. Кибрика, И.М. Кузьминскиса, Б.А. Успенского и др.), жанрово-тематическим разнообразием, обилием самых форм графического искусства (станковая, и книжная, печатная и уникальная графика). Они в полной мере отражают сложные художественные процессы в России XX – начала XXI веков.