Собрание икон музея насчитывает около 300 экспонатов XVI – начала XX веков. Оно представлено каноническими памятниками центральных школ иконописи XVI-XVIII веков (Москва, Новгород, Ярославль), а также уникальными местными памятниками конца XIX – начала XX веков (Сузунский иконописный промысел и творчество алтайского старообрядческого иконописца В.Ф. Балыкина).